При аутоімунному запаленні щитоподібної залози тиреотоксикоз обумовлений руйнуванням клітин щитоподібної залози антитілами імунної системи. Враховуючи той факт, що при аутоімунному тиреоїдиті тиреотоксикоз є явище тимчасове, тому при цій патології, в переважній більшості випадків, достатньо лише медикаментозного лікування на період тиреотоксикозу. Коли ж наступає фаза гіпотиреозу призначається замісна терапія.

У поодиноких випадках проводиться радикальне лікування цієї патології.